Microbiote : ce que le bain thermal change à votre flore intestinale
- Par Nature Source Chaude
- Publié le
- Mis à jour le 29 décembre 2025
Se baigner pour soutenir l’équilibre de son intestin ? C’est ce que suggère une étude inédite publiée en 2024 dans la revue Scientific Reports[1]. En examinant les effets des onsen (sources chaudes japonaises) sur des volontaires sains, les chercheurs ont fait une découverte surprenante : une seule semaine d’immersion suffit à modifier significativement le microbiote intestinal. Une révélation qui pourrait radicalement changer votre regard sur les bienfaits de l’eau thermale.
AU SOMMAIRE :
Les bains, une tradition séculaire au pays du soleil levant
Au Japon, le bain est bien plus qu’une simple question d’hygiène : c’est une tradition profondément ancrée et un pilier de la vie sociale. Dans les foyers, partager l’eau chaude est un rituel de relaxation qui renforce les liens intergénérationnels. Sans même en avoir conscience, chaque membre de la famille bénéficie ainsi des bienfaits régénérants de ce moment suspendu.
Le pays est d’ailleurs l’un des plus riches au monde en ressources géothermiques, comptant plus de 27 000 sources et 3 000 établissements thermaux (les fameux onsen). Véritables institutions, ces lieux sont régis par des codes précis, bien différents de nos pratiques occidentales.
Une classification rigoureuse des eaux
La loi japonaise distingue dix catégories d’eaux thermales, chacune possédant des propriétés bienfaisantes et des spécificités minérales propres. Cette diversité est la clé des résultats de l’étude sur le microbiote. On y retrouve notamment :
• Les eaux simples : Elles doivent atteindre au moins 25 °C avec une minéralisation légère (inférieure à 1 g/l). En France, ces eaux seraient classées selon leur composant dominant.
• Les eaux bicarbonatées : Particulièrement douces pour la peau.
• Les eaux sulfatées (calciques et magnésiennes) et les eaux chlorurées sodiques.
• Les eaux sulfurées : Reconnaissables entre toutes par leur odeur d’œuf pourri, elles doivent contenir au moins 2 mg/l de sulfure d’hydrogène.
Comme nous allons le voir, cette nature chimique de l’eau n’est pas qu’un détail technique : elle détermine directement la manière dont votre flore intestinale réagit au bain.
Baignade et microbiote intestinal : une connexion biologique inattendue
Il est désormais scientifiquement prouvé que le microbiote intestinal est le le garant de notre équilibre intérieur. Véritable chef d’orchestre, il régule notre digestion, notre métabolisme et assure la performance de notre système immunitaire.
Bien qu’il soit globalement stable, ce précieux écosystème est sensible à notre mode de vie. Une modification de l’alimentation, comme l’augmentation de la part de végétaux, a un impact immédiat. Une étude fascinante [2] révèle d’ailleurs que 2 % de nos microbes intestinaux proviendraient directement des fruits et légumes que nous consommons. Cela souligne l’importance cruciale de choisir des produits frais issus de sols vivants et riches en micro-organismes.
L'eau thermale : un facteur environnemental négligé
Pourtant, si l’impact de ce que nous mangeons est bien connu, l’influence des facteurs environnementaux externes — et plus particulièrement de l’immersion dans les eaux thermales — est restée longtemps dans l’ombre des recherches scientifiques.
Comment le simple contact de l’eau sur notre peau pourrait-il modifier l’équilibre de notre tube digestif ? C’est tout l’enjeu de cette découverte qui place l’immersion thermale au rang d’allié précieux pour notre flore intestinale.
Focus sur l’étude : le protocole de Beppu
Les recherches se sont déroulées à Beppu, une ville côtière située sur l’île de Kyushu. Ce lieu n’a pas été choisi au hasard : c’est la capitale mondiale des sources chaudes avec un record de 2 800 émergences.
Pour garantir la fiabilité des résultats, l’étude a porté sur 127 participants en bonne santé, n’ayant pris aucun bain thermal durant les deux semaines précédant l’expérience. Le protocole était rigoureux :
• Une immersion quotidienne : chaque participant a pris un bain d’au moins 20 minutes par jour pendant sept jours consécutifs.
• Mieux comprendre l’impact de l’environnement sur votre équilibre.
• Quatre profils d’eaux : les baigneurs ont été répartis en groupes selon la typologie chimique de leur source (simple, chlorurée, bicarbonatée, sulfureuse ou sulfatée).
Ce que révèlent les résultats
L’étude met en lumière un lien potentiel : l’immersion thermale pourrait favoriser la croissance de certains micro-organismes intestinaux. Cependant, l’intensité de ces variations semblerait dépendre directement de la composition chimique de l’eau.
Sur les 20 types de bactéries suivies, les analyses avant/après permettraient de tirer trois conclusions majeures :
1. L’influence de l’eau : la population de sept bactéries spécifiques a augmenté de façon notable après les bains.
2. L’exception chlorurée : à l’inverse, aucun changement significatif n’aurait été observé chez le groupe utilisant des sources chlorurées.
3. La variation du Bifidobacterium : le changement le plus spectaculaire concerne le Bifidobacterium bifidum. Chez les individus immergés dans des sources riches en bicarbonate, sa présence a augmenté de 2,8 %.
(Note : La figure 3 ci-dessous détaille uniquement les groupes ayant montré une variation significative).
Bilan : au-delà de la peau
Il s’agit de la toute première étude à examiner les effets de l’immersion thermale sur le microbiote. Ces résultats indiqueraient que l’impact de l’eau pourrait dépasser largement les bienfaits mécaniques (peau, articulations) pour agir de façon systémique sur notre équilibre interne.
À retenir pour votre pratique :
• La durée compterait : l’effet sur le microbiote serait amplifié par une immersion prolongée (au moins 20 minutes dans l’étude).
• La synergie : combiner différentes sources chaudes permettrait, selon les chercheurs, d’optimiser les résultats.
Cependant, ne tombez pas dans le piège de la chimie pure. Comme nous le verrons dans la section suivante, choisir son onsen uniquement sur sa fiche technique serait une erreur. Les eaux agissent bien plus par leur qualité vibratoire et microbienne que par leur seule quantité de minéraux.
Le choix du onsen : de la baignoire à la nature
À Beppu, la culture du bain est partout. Mais pour une immersion totale, il faut distinguer l’eau de son contenant. Pour qu’un bain offre ses pleins bienfaits, une règle d’or prévaut : le renouvellement continu. L’objectif est que l’eau reste connectée à sa source tellurique, sans stagner ni s’oxyder.
Cependant, tous les lieux ne se valent pas. Voici ma hiérarchie de la qualité, du milieu le plus pauvre au plus vivant :
1. Le Sommet : la Source Sauvage (le vrai bain nature)
C’est le niveau que je privilégie et qui dépasse les classifications japonaises habituelles. Même le meilleur onsen reste un compromis : l’eau est isolée dans une baignoire (carrelage, bois, pierre taillée), coupée de son sol d’origine.
• Le principe : se baigner directement dans le lit de la source, en contact avec la roche brute, la boue ou le sol naturel.
• Pourquoi c’est supérieur : vous ne bénéficiez pas uniquement de l’eau, mais de tout l’écosystème. C’est le contact avec les micro-organismes du sol et les biofilms naturels qui crée la richesse biologique du bain. C’est une immersion totale dans le vivant, impossible à reproduire dans un établissement sanitaire.
2. L'excellence en établissement : eau non traitée (Gensen Kakenagashi)
Si l’accès à la nature sauvage n’est pas possible, c’est la référence absolue en intérieur. Gensen Kakenagashi signifie littéralement « eau thermale naturelle provenant directement de la source et débordant en continu ».
• Le principe : l’eau jaillit de la terre et remplit la baignoire par gravité avant de déborder. Pas de pompe, pas de filtre, pas de chlore, pas de recyclage.
• La limite : c’est un « bain en eau courante » d’une grande pureté chimique, mais l’environnement (la baignoire) reste artificiel et pauvre en biodiversité comparé à une source sauvage. On estime que moins de 5 % des onsens au Japon atteignent ce standard.
3. Les eaux ajustées (le compromis)
Souvent, la nature n’est pas « prête à l’emploi » pour le baigneur :
• Eau refroidie : de nombreuses sources sortent bouillantes. Il faut les refroidir (échangeur thermique, ajout d’eau froide, etc), ce qui altère légèrement l’état originel de l’eau.
• Eau chauffée : À l’inverse, une source tiède (35°C) est réchauffée artificiellement pour le confort des clients habitués aux bains très chauds.
4. Les eaux traitées (à éviter pour un ressourcement optimal)
C’est le bas de l’échelle, malheureusement très courant dans les grands hôtels : ajout d’eau du robinet, filtration, chloration (le pire pour le microbiote) ou réutilisation de l’eau en circuit fermé. Ces bains chauffent le corps, mais ils sont biologiquement dénaturés.
Au-delà du bain : Les "Enfers" et le vivant
Certains onsens à Beppu ne sont pas faits pour l’homme, mais pour l’observation. On les appelle les « Jigoku » (Enfers).
Ces chaudrons naturels, inaccessibles car bouillants, sont la clé pour comprendre ma démarche. Ils ne sont pas stériles : ils abritent un écosystème fascinant. Ce sont de véritables laboratoires à ciel ouvert où s’épanouissent des micro-organismes extrêmophiles.
C’est ici que se joue la différence : ces organismes libèrent des substances naturelles uniques. Plus l’environnement d’une source est préservé (sol naturel, lumière du jour), plus l’eau semblerait être peuplée de cette diversité microbienne. C’est pourquoi je défends le bain sauvage : pour s’immerger dans cette “soupe de vie” et profiter de ce que je considère comme un échange direct avec une flore ancestrale. Cela va bien au-delà de la simple composition minérale d’une eau servie dans un cadre artificiel.
Voir notre article détaillé : « Le sol, couche de base et milieu vivant d’une source chaude ».
1. Takeda M, Choi J, Maeda T, & Managi S. (2024). Effects of bathing in different hot spring types on Japanese gut microbiota.
2. Wicaksono WA, Cernava T, Wassermann B, et al. (2023). The edible plant microbiome: evidence for the occurrence of fruit and vegetable bacteria in the human gut.
