Microbiote : ce que le bain thermal change à votre flore intestinale
- Par Nature Source Chaude
- Publié le
- Mis à jour le 25 mars 2026
Se baigner pour soutenir l’équilibre de son intestin ? L’idée peut sembler surprenante. Pourtant, une étude publiée en 2024 dans Scientific Reports ouvre une piste passionnante : chez des volontaires sains, sept jours de bains thermaux ont suffi à modifier la composition du microbiote intestinal [1].
Le résultat ne veut pas dire qu’un onsen, c’est-à-dire un bain thermal japonais alimenté par une source chaude naturelle, “soigne” à lui seul le ventre. Mais il suggère quelque chose de beaucoup plus intéressant : l’immersion thermale pourrait être un facteur environnemental capable d’influencer notre flore intestinale, au même titre que l’alimentation, le mode de vie ou d’autres expositions du quotidien.
Autrement dit, les effets du bain ne s’arrêteraient peut-être pas à la peau, aux muscles ou à la détente. Ils pourraient aussi toucher un écosystème plus discret, mais central : celui de l’intestin.
AU SOMMAIRE :
Les bains au Japon : une culture ancienne, un cadre très précis
Au Japon, le bain est bien plus qu’une question d’hygiène. C’est un rituel de récupération, de détente et de sociabilité, profondément ancré dans la vie quotidienne. Dans les familles, dans les quartiers, dans les stations thermales, il fait partie d’une culture du soin qui ne sépare pas aussi nettement qu’en Occident le confort, la santé et l’environnement.
Cette culture repose aussi sur un cadre très structuré. Les sources chaudes y sont définies selon des critères précis de température ou de composition, et le pays distingue plusieurs grandes catégories d’eaux thermales. Cette classification n’est pas un détail administratif. Dans l’étude qui nous intéresse, elle devient centrale : les chercheurs montrent que l’effet du bain sur le microbiote n’est pas identique selon le type d’eau utilisé [1].
Parmi les types d’eaux les plus connus, on retrouve notamment :
- les eaux simples, chaudes mais faiblement minéralisées
- les eaux chlorurées
- les eaux bicarbonatées
- les eaux sulfatées
- les eaux sulfurées
Baignade et microbiote intestinal : une connexion biologique inattendue
On sait désormais que le microbiote intestinal est impliqué dans bien plus que la digestion. Il participe à l’immunité, au métabolisme, à l’inflammation, à la communication entre intestin et cerveau. Son équilibre dépend de nombreux facteurs, dont l’alimentation, le sommeil, l’activité physique, le stress, les médicaments et l’environnement.
Sur ce point, une autre étude récente apporte un éclairage intéressant. Des chercheurs ont montré que des bactéries issues des fruits et légumes peuvent être retrouvées dans le microbiote humain et qu’elles contribuent en moyenne à environ 2,2 % de sa diversité [2]. Cela rappelle une chose essentielle : notre flore intestinale n’est pas seulement façonnée par ce que nous digérons. Elle est aussi influencée par ce que nous rencontrons dans notre milieu de vie.
L’eau thermale, un facteur environnemental longtemps négligé
C’est précisément là que l’étude japonaise devient intéressante. Car si l’on admet que l’environnement peut nourrir ou moduler le microbiote, alors l’immersion répétée dans une eau thermale, chaude, minérale et biologiquement singulière, mérite d’être examinée sérieusement.
La question paraît simple, mais elle est en réalité profonde : le bain peut-il modifier le microbiote intestinal sans passer par l’alimentation ?
L’étude de 2024 ne répond pas encore à tous les mécanismes. Mais elle montre qu’après seulement une semaine de bains, des modifications mesurables apparaissent dans la flore intestinale [1].
Focus sur l’étude : le protocole de Beppu
Les travaux ont été menés à Beppu, sur l’île de Kyushu, l’un des plus grands hauts lieux thermaux du Japon. Ce choix n’a rien d’anodin : la ville est réputée pour la richesse et la diversité de ses eaux.
Les chercheurs ont d’abord recruté 136 adultes japonais en bonne santé, âgés de 18 à 65 ans. Pour être inclus, ils ne devaient pas avoir de maladie chronique diagnostiquée et ne pas s’être baignés dans une source chaude au cours des 14 jours précédents. Après exclusion des participants n’ayant pas respecté le protocole ou n’ayant pas fourni d’échantillons exploitables, l’analyse finale a porté sur 127 personnes.
Chaque participant devait se baigner dans la même source pendant sept jours consécutifs, utiliser le même bain pendant toute l’expérience, et rester dans l’eau au moins 20 minutes par jour, avec pauses autorisées. Des prélèvements de selles ont été réalisés avant et après la semaine d’immersion [1].
Ce que révèlent les résultats
Le résultat principal est clair : une semaine de bains thermaux peut modifier le microbiote intestinal, mais pas de la même manière selon le type d’eau.
Le changement le plus net concerne Bifidobacterium bifidum, dont l’abondance relative a augmenté de 2,796 % après sept jours de bains dans des sources bicarbonatées. D’autres modifications significatives ont également été observées dans les groupes simple, bicarbonaté et sulfuré. En revanche, aucune bactérie significativement modifiée n’a été identifiée dans le groupe chloruré. Quant aux sources sulfatées, elles figuraient bien parmi les types étudiés au départ, mais elles ont été écartées de l’analyse statistique faute d’un effectif suffisant [1].
(Note : la figure 3 ci-dessous détaille uniquement les groupes ayant montré une variation significative).
Ce que l’étude permet de dire, et ce qu’elle ne permet pas encore de dire
Cette étude est importante parce qu’elle est, selon les auteurs, la première à examiner chez des adultes sains les effets de différents types de bains thermaux sur le microbiote intestinal.
Mais elle a aussi des limites qu’il faut garder en tête. D’abord, il n’y avait pas de groupe contrôle. On ne peut donc pas séparer parfaitement l’effet du bain thermal de l’effet de la chaleur en général, ni d’un éventuel effet lié au repos, au dépaysement ou au changement de rythme. Ensuite, l’alimentation n’a pas été standardisée. Enfin, l’étude ne dit pas si ces changements sont durables, ni s’ils se traduisent par un bénéfice clinique mesurable [1].
Autrement dit, ce travail ne prouve pas qu’une semaine d’onsen “répare” l’intestin. Mais il montre qu’un bain thermal n’est pas un geste neutre pour le microbiote.
Le choix du onsen : de la baignoire à la nature
À partir de là, une question pratique se pose : tous les bains se valent-ils ?
Scientifiquement, l’étude de Beppu portait surtout sur la chimie des eaux. Elle ne compare pas directement une source sauvage, un bain courant non traité ou un bassin recyclé. Mais si l’on raisonne en termes de naturalité du milieu, de fraîcheur de l’eau et de degré de transformation, on peut tout de même distinguer plusieurs niveaux.
1. Le sommet : la source sauvage
C’est le bain le plus rare, et sans doute le plus fascinant. On ne se baigne plus seulement dans une eau chaude, mais dans un milieu naturel complet : roche, boue, biofilms, écoulement, lumière, contact direct avec le site d’émergence.
D’un point de vue scientifique, on ne peut pas encore affirmer que ce type de bain est “supérieur” pour le microbiote intestinal. En revanche, si l’on cherche l’expérience la moins transformée et la plus proche du milieu d’origine, c’est clairement la forme la plus radicale du bain thermal.
2. L’excellence en établissement : l’eau non recyclée
Au Japon, on parle souvent de gensen kakenagashi pour désigner une eau qui arrive directement de la source et déborde en continu, sans recirculation. C’est l’un des critères les plus recherchés par les amateurs d’onsen, parce qu’il préserve mieux la fraîcheur et les propriétés naturelles de l’eau.
Cela ne veut pas toujours dire “zéro intervention”, car certaines installations peuvent encore refroidir ou ajuster légèrement l’eau. Mais on reste, dans l’ensemble, dans une logique de respect de la source. Moins de 5 % des onsens au Japon répondraient réellement à ce standard, ce qui souligne à quel point cette forme de bain demeure exceptionnelle.
3. Les eaux ajustées : le compromis
Dans bien des cas, l’établissement thermal ne prolonge pas la nature : il la domestique. La source y est adaptée au confort humain bien plus qu’elle n’est laissée dans son état originel. Beaucoup de sources sont trop chaudes pour être utilisées telles quelles. D’autres, au contraire, sont trop tièdes pour répondre aux attentes des baigneurs. On ajoute alors de l’eau froide, on chauffe, on régule.
4. Les eaux traitées : le bain le plus transformé
Lorsque l’eau est filtrée, chlorée, recyclée en circuit fermé ou mélangée à grande échelle avec de l’eau extérieure, on reste dans un bain chaud, parfois agréable, mais on s’éloigne encore davantage de la logique du milieu thermal vivant.
Pour un article centré sur le microbiote, cette distinction est importante. Si le bain agit en partie par la chaleur seule, un bain traité peut conserver une partie de l’effet. Mais si l’effet dépend aussi du type d’eau, de son écoulement et de sa singularité, alors toutes les formes de bain ne se valent probablement pas.
Au-delà du bain : les “Enfers” et le vivant
À Beppu, certains sites thermaux ne sont pas destinés à la baignade. On les appelle les Jigoku, les “Enfers”. Ces bassins bouillonnants sont avant tout des lieux d’observation. Mais ils rappellent une chose essentielle : une source chaude n’est pas seulement une eau chaude. C’est un écosystème extrême, capable d’abriter des formes de vie adaptées à des conditions inhabituelles.
Cette idée est importante, car elle permet de replacer le bain thermal dans quelque chose de plus vaste : la rencontre entre un corps humain et un milieu vivant. Tout n’est pas encore démontré sur le plan intestinal, bien sûr. Mais l’étude de 2024 va dans le sens d’un dialogue plus profond entre l’eau thermale et l’organisme qu’on ne le pensait jusque-là.
Pour approfondir cette dimension, découvrez aussi notre article : Le sol, couche de base et milieu vivant d’une source chaude.
Conclusion
Ce que montre l’étude japonaise n’est pas un miracle, mais un changement important de perspective. Elle suggère que le bain thermal pourrait ne pas agir seulement sur les muscles, la peau ou la détente, mais aussi sur le microbiote intestinal.
Le signal le plus net concerne les sources bicarbonatées, qui ont été associées à une hausse de Bifidobacterium bifidum après une semaine de bains. D’autres types d’eaux ont également montré des variations, tandis que les sources chlorurées n’en ont pas montré dans cette étude précise [1].
Faut-il en conclure que tout bain thermal fait du bien au microbiote ? Non. Ce serait aller trop vite. Mais faut-il continuer à penser que le bain n’est qu’un confort de surface ? Probablement pas non plus.
Le plus juste, aujourd’hui, est sans doute de dire ceci : le bain thermal semble capable de déplacer l’équilibre intestinal, et la nature de l’eau compte. Cela n’a rien d’anodin, car l’eau thermale n’appartient pas seulement à l’univers du bain : elle relève aussi, depuis longtemps, de celui des cures de boisson.
1. Takeda M, Choi J, Maeda T, & Managi S. (2024). Effects of bathing in different hot spring types on Japanese gut microbiota.
2. Wicaksono WA, Cernava T, Wassermann B, et al. (2023). The edible plant microbiome: evidence for the occurrence of fruit and vegetable bacteria in the human gut.
