Microbiote : ce que le bain thermal change à votre flore intestinale
- Par Nature Source Chaude
- Publié le
- Mis à jour le 17 juillet 2026
Se baigner peut-il modifier le microbiote intestinal ? L’idée peut surprendre. Pourtant, une étude publiée en 2024 dans Scientific Reports a observé, chez des adultes en bonne santé, des modifications de l’abondance de certaines bactéries intestinales après sept jours consécutifs de bains thermaux. Ces changements variaient selon le type d’eau utilisé [1].
Cela ne signifie pas qu’un onsen, c’est-à-dire un bain thermal japonais, « répare » ou soigne l’intestin. Mais le résultat ouvre une piste inattendue : celle d’un lien entre l’immersion en eau thermale et l’écosystème intestinal.
AU SOMMAIRE :
Les bains au Japon : une tradition ancienne, des eaux précisément classées
Au Japon, le bain dépasse largement la simple question de l’hygiène. Dans les foyers, les bains publics de quartier et les stations thermales, il est aussi associé à la détente, à la récupération et à la sociabilité. Dans le cas des onsen, cette culture du bain reste étroitement liée aux sources chaudes et à leur environnement.
Elle repose également sur un cadre très structuré. Les sources chaudes sont définies selon des critères précis de température ou de composition, puis classées en fonction des substances qu’elles contiennent.
Cette classification joue un rôle central dans l’étude de Beppu. Pendant sept jours, chaque participant s’est baigné dans le même bain thermal, correspondant à l’un des cinq types d’eaux étudiés :
- les eaux simples, chaudes et faiblement minéralisées ;
- les eaux chlorurées ;
- les eaux bicarbonatées ;
- les eaux sulfurées ;
- les eaux sulfatées.
Les eaux sulfatées ont toutefois été retirées de l’analyse statistique, car trop peu de participants avaient utilisé ce type de source. Les chercheurs ont donc comparé les modifications observées dans les quatre autres groupes : eaux simples, chlorurées, bicarbonatées et sulfurées [1].
L’étude ne considère donc pas tous les bains thermaux comme équivalents. Elle examine si les variations du microbiote diffèrent selon le type d’eau utilisé.
Bain thermal et microbiote intestinal : ce que l’étude de Beppu a observé
Le lien entre un bain et le microbiote intestinal n’a rien d’évident. L’étude ne cherchait pas à montrer que des micro-organismes présents dans l’eau passent directement dans l’intestin. Elle a comparé le microbiote des participants avant et après une semaine de bains thermaux, afin de déterminer si les variations observées différaient selon le type d’eau utilisé [1].
Le protocole de l’étude
Les travaux ont été menés à Beppu, sur l’île japonaise de Kyushu, une ville connue pour le nombre et la diversité de ses sources chaudes.
Au départ, 136 adultes japonais en bonne santé ont été recrutés. Ils ne devaient pas avoir de maladie chronique diagnostiquée ni s’être baignés dans une source chaude au cours des quatorze jours précédents. Après l’exclusion de neuf participants qui n’avaient pas terminé le protocole ou fourni des prélèvements exploitables, l’analyse finale a porté sur 127 personnes.
Pendant sept jours consécutifs, chaque participant s’est baigné dans le même bain du même établissement, pendant au moins vingt minutes par jour, avec la possibilité de faire des pauses. Des prélèvements de selles ont été réalisés avant et après cette semaine de bains, puis analysés par séquençage de l’ARN ribosomique 16S afin d’estimer l’abondance relative des bactéries intestinales [1].
Ce que les chercheurs ont observé
Les travaux ont été menés à Beppu, sur l’île de Kyushu, l’un des plus grands hauts lieux thermaux du Japon. Ce choix n’a rien d’anodin : la ville est réputée pour la richesse et la diversité de ses eaux.
Les chercheurs ont d’abord recruté 136 adultes japonais en bonne santé, âgés de 18 à 65 ans. Pour être inclus, ils ne devaient pas avoir de maladie chronique diagnostiquée et ne pas s’être baignés dans une source chaude au cours des 14 jours précédents. Après exclusion des participants n’ayant pas respecté le protocole ou n’ayant pas fourni d’échantillons exploitables, l’analyse finale a porté sur 127 personnes.
Chaque participant devait se baigner dans la même source pendant sept jours consécutifs, utiliser le même bain pendant toute l’expérience, et rester dans l’eau au moins 20 minutes par jour, avec pauses autorisées. Des prélèvements de selles ont été réalisés avant et après la semaine d’immersion [1].
Ce que révèlent les résultats
L’étude n’a pas mis en évidence une transformation générale du microbiote, mais des variations significatives de l’abondance relative de certains groupes bactériens.
Au total, sept augmentations ont été observées :
- deux après les bains en eau simple ;
- trois après les bains en eau bicarbonatée ;
- deux après les bains en eau sulfurée.
Aucune variation significative n’a été détectée dans le groupe ayant utilisé une eau chlorurée. Les eaux sulfatées ont été écartées de l’analyse statistique, car trop peu de participants s’étaient baignés dans ce type de source [1].
Le changement le plus marqué concernait Bifidobacterium bifidum, dont l’abondance relative a augmenté après les bains en eau bicarbonatée. Cette bactérie est souvent associée à certaines fonctions favorables de l’écosystème intestinal, mais sa seule augmentation ne permet pas de conclure à une amélioration globale du microbiote ou de la santé.
Les autres groupes bactériens concernés ne peuvent pas davantage être classés simplement comme « bons » ou « mauvais ». Leur rôle dépend des espèces présentes, de leurs fonctions et de leurs interactions avec l’ensemble de l’écosystème intestinal.
Une première indication que la nature de l’eau compte
Selon ses auteurs, cette étude est la première à examiner chez des adultes en bonne santé les modifications du microbiote intestinal après des bains dans différents types de sources chaudes.
Son principal apport tient à la différence des profils observés selon les eaux. Les mêmes variations ne se retrouvaient pas dans tous les groupes, ce qui suggère que le bain thermal ne constitue pas une exposition uniforme et que les caractéristiques de l’eau pourraient participer à la réponse du microbiote.
L’étude ne permet pas encore d’expliquer précisément pourquoi ces modifications différaient selon les types de sources. Les auteurs envisagent une action conjointe du réchauffement du corps et de certains composants présents dans l’eau thermale, mais ces mécanismes n’ont pas été mesurés directement [1].
Des travaux comparant différents types d’eaux thermales à une eau ordinaire chauffée seraient nécessaires pour mieux isoler le rôle de leur composition.
Il reste également à déterminer si ces variations persistent après l’arrêt des bains et si elles ont des conséquences mesurables sur la santé intestinale.
L’étude ouvre ainsi une piste nouvelle : les effets du bain thermal sur le microbiote pourraient dépendre, au moins en partie, de la nature de l’eau dans laquelle le corps est immergé.
♨️ De l’eau thermale au milieu naturel de la source
L’étude de Beppu compare différents types d’eaux thermales utilisées dans des bains d’établissement. Elle ne compare pas ces installations à une immersion dans le milieu naturel où l’eau émerge et poursuit librement son écoulement.
Au Japon, l’expression gensen kakenagashi désigne un bassin continuellement alimenté par une eau provenant de la source, qui déborde ensuite sans être récupérée et réintroduite dans le circuit. Selon la définition retenue par l’Association japonaise des onsen, cette appellation exclut l’ajout d’eau, mais peut encore autoriser un réchauffement lorsqu’il est déclaré. La forme la plus stricte, gensen 100 % kakenagashi, exclut à la fois l’ajout d’eau et le réchauffement.
Une enquête nationale menée en 2004 par le ministère japonais de l’Environnement auprès des établissements thermaux répondants indiquait que 52,3 % d’entre eux possédaient au moins un bassin déclaré gensen kakenagashi. Ce chiffre concernait toutefois cette catégorie générale et ne permet pas de connaître la proportion de bassins fonctionnant dans les conditions plus strictes du gensen 100 % kakenagashi [2].
Même continuellement renouvelée et utilisée sans dilution, cette eau ne recrée pas le milieu naturel de la source. Elle a été captée ou conduite jusqu’à un bassin construit et ne circule plus au contact du même sol, des mêmes roches, des sédiments, des dépôts minéraux, des biofilms et des gradients qui structurent son environnement d’origine.
Cette distinction ne remet pas en cause les résultats de l’étude. Elle en précise la portée : les chercheurs ont étudié différents types d’eaux thermales au moment de leur utilisation dans des établissements, et non l’immersion dans un milieu thermal naturel complet.
Pour approfondir cette distinction entre l’eau thermale utilisée en établissement et le milieu naturel de la source, découvrez mon article consacré aux bienfaits du bain chaud, ainsi que celui sur le sol vivant et le microbiote des sources chaudes.
[1] Takeda M, Choi J, Maeda T, Managi S. (2024). Effects of Bathing in Different Hot Spring Types on Japanese Gut Microbiota. Scientific Reports, 14, 2316.
