How to Quickly improve Gut Health and the Gut Microbiome
- Nature Source Chaude
- Published on
- Updated on 14 July 2025
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A recent study published in Scientific Reports [1] examined the impact of soaking in Japanese hot springs, known as ‘onsen’, on the gut microbiota of healthy individuals. The results were surprising and unprecedented: it was found that simply immersing oneself in a hot spring significantly improves gut health within just one week. This study will change the way you look at hot springs forever.
Table of Contents
Taking baths – a centuries-old tradition in Japan
Soaking in water is a deeply rooted tradition in Japan. Indeed, it is common in Japanese households to share a bath. This practice is not just about hygiene; it is also a ritual of relaxation that strengthens family ties between generations. This enables all family members to enjoy the many benefits of a hot bath without necessarily being aware of them. Read our article on the subject to find out more.
Japan has one of the world’s highest concentrations of hot springs, with over 27,000 onsen and more than 3,000 onsen establishments. For the Japanese, enjoying the benefits of a hot spring bath at an onsen is a veritable institution, governed by rules of conduct that differ from those practised in the West.
Therefore, Japan has a wide variety of thermal waters that are used for therapeutic or recreational purposes. Each type of water has multiple characteristics and specific features. However, Japanese law classifies them into ten categories, or ‘types of spa’. The list includes:
- Simple water must have a minimum temperature of 25°C and contain insufficient minerals to qualify for any of the other categories. The level of dissolved substances must be less than 1 g/l. In France, waters with a low mineral content are classified into one of the other categories directly;
- bicarbonate water;
- sulfate water;
- Sodium chloride water;
- Sulfur water – these waters can be identified by their distinctive smell of rotten eggs. They must contain at least 2 mg/l of hydrogen sulphide;
- etc.
As we will see in the following study, thermal springs have a very positive effect on intestinal flora. However, these effects vary depending on the nature of the thermal water and therefore the type of spa.
Thermal baths and gut microbiota: an unexpected connection
We now know that the gut microbiota plays a vital role in maintaining human health. This influences various physiological processes, such as digestion, metabolism and immune regulation.
Bien que stable dans le temps, le microbiote intestinal peut fluctuer en raison de changements environnementaux ou de choix de mode de vie. C’est notamment le cas lorsque l’on change d’alimentation, par exemple en consommant davantage de fruits et de légumes. Selon une étude[2], 2 % des microbes intestinaux de l’être humain proviendraient des fruits et légumes consommés. D’où la nécessité de privilégier des produits frais provenant de sols de qualité, riches en microorganismes.
Toutefois, l’influence des facteurs environnementaux, notamment de la baignade dans des eaux thermales, sur l’écosystème microbien du tube digestif reste relativement peu étudiée.
À propos de l'étude
L’étude a été menée dans la ville côtière de Beppu, située à l’est de l’île de Kyushu, dans l’archipel japonais. C’est là que l’on trouve le plus grand nombre de sources chaudes du pays, soit pas moins de 2 800.
Les recherches ont porté sur 127 participants qui n’avaient pas pris de bain thermal au cours des deux semaines précédentes et qui ne souffraient d’aucune maladie chronique.
Ils ont été invités à se baigner dans la source chaude de leur choix, avant d’être répartis en quatre groupes selon la typologie chimique de l’eau : simple, chlorurée, bicarbonatée, sulfureuse ou sulfatée. Ils ont pris un bain d’au moins 20 minutes par jour pendant sept jours consécutifs dans le même bassin. Ils ont fourni des échantillons de selles avant et après l’expérience afin d’analyser leur microbiote intestinal.
Résultats de l'étude
Les résultats ont montré que les bains thermaux augmentaient de manière considérable la présence de certains micro-organismes dans la flore intestinale, en fonction du type d’eau thermale utilisé.
Des comparaisons avant-après ont été effectuées pour 20 genres de bactéries dans chacun des quatre groupes. Vous trouverez toutefois sur la figure 3 ci-dessous uniquement les groupes dont l’abondance relative de certaines bactéries a significativement changé. Aucun changement significatif n’a été observé avant et après le bain dans le groupe utilisant des sources chlorurées.
Les résultats ont principalement révélé une augmentation significative de la présence de sept bactéries dans le microbiote intestinal après le bain.
Parmi ces bactéries, Bifidobacterium bifidum a présenté la variation la plus significative, avec une augmentation de 2,8 % chez les individus ayant pris un bain dans des sources riches en bicarbonate. Cette bactérie appartient à l’une des 32 espèces du genre Bifidobacterium.
♨️En conclusion :
Il s’agit de la première étude à examiner les effets des bains thermaux sur le microbiote intestinal. Ses résultats montrent que leur impact peut aller bien au-delà des effets physiologiques habituellement constatés sur la peau, les os ou les articulations. Selon le type de source thermale, les bains peuvent modifier le microbiote intestinal de manière distincte, en augmentant la concentration de certaines bactéries.
Le choix du onsen
À Beppu, on trouve des onsen qui invitent les visiteurs à prendre des bains de pieds dans l’eau thermale à la naissance même des sources. Certains sont même en accès libre.
Les visiteurs peuvent également se rendre dans les établissements pour prendre un bain dans une baignoire ou une piscine.
Pour qu’un établissement soit bien établi auprès des amateurs de onsen, il faut que la température de l’eau de la baignoire ou de la piscine soit constante, et à un degré plus ou moins rapproché de la température du corps. Il doit pour cela disposer d’une quantité d’eau thermale abondante.
Lorsque le débit n’est pas suffisant pour remplir un grand nombre de baignoires individuelles, les piscines deviennent alors indispensables dans les établissements. Il faut en effet un volume d’eau moins important pour alimenter une piscine pouvant accueillir 20 baigneurs que pour fournir l’eau nécessaire à un nombre équivalent de baignoires dans lesquelles il faut maintenir une température constante.
Pour maintenir une température constante, l’eau de la baignoire ou de la piscine doit s’écouler en continu. Les baigneurs se retrouvent ainsi plongés dans un milieu qui se renouvelle sans cesse : de nouvelles molécules viennent constamment remplacer celles qui ont perdu leur efficacité, et cet effet est d’autant plus important que le renouvellement est rapide. Cependant, obtenir ce résultat est bien plus ardu qu’il n’y paraît. C’est la raison pour laquelle les établissements utilisent différents traitements avant que l’eau n’atteigne les baigneurs.
Comme l’indique l’article du site Japan-Guide, les meilleurs onsen sont désignés « Gensen Kakenagashi » et n’utilisent aucun traitement. Les traitements de l’eau peuvent être :
Eau non traitée (gensen kakenagashi)
Le « Gensen Kakenagashi » signifie littéralement « eau thermale naturelle provenant directement de la source et débordant en continu ». Le Gensen Kakenagashi se caractérise par une eau thermale qui s’écoule directement de la source dans la baignoire (l’eau déborde continuellement), 24 heures sur 24 et 365 jours par an, sans aucun traitement ni réutilisation. On appelle cette pratique « bain en eau courante » (voir notre article). Cette manière de prendre des bains requiert ainsi une grande quantité d’eau thermale dont la température, au point d’émergence, n’est pas trop éloignée de celle utilisée pour les bains. On dit que moins de 5 % des milliers d’onsen au Japon sont des Gensen Kakenagashi authentiques à 100 % ! Ce sont les stations thermales premium. Autre point à considérer : la source est-elle naturelle ou forée ? Jaillissante ou pompée ?- Eau refroidie
Il existe en effet un grand nombre de sources thermales dont la température de l’eau est trop élevée qu’il serait dangereux de s’en servir pour prendre un bain sans la refroidir au préalable. Pour obtenir ce résultat, les établissements utilisent différents procédés. Certains d’entre eux sont énumérés dans l’article du site Japan Guide. - Eau chauffée
Il existe également un grand nombre de sources thermales dont l’eau, trop froide, doit être chauffée pour pouvoir être utilisée en bains. Une eau peut être à une excellente température au moment où elle sort de la source (35 °C, par exemple), puis perdre quelques degrés lorsqu’elle arrive dans les bains, ce qui nécessite de la chauffer. - Ajout d’eau du robinet, réutilisation de l’eau thermale, traitement chimique de l’eau, etc.
D’autres onsen à Beppu ne sont que de simples curiosités géologiques. Ici et là, la terre fume, l’air scintille de chaleur et l’eau bouillonne d’une lueur surnaturelle.
Ces sources chaudes abritent en réalité un écosystème grouillant de vie, malgré une température de l’eau pouvant atteindre ici 100 °C. Ce sont des laboratoires naturels dans lesquels la vie s’est adaptée pour prospérer dans des conditions particulières.
Les organismes qui vivent dans ces sources produisent toutes sortes d’enzymes et de molécules qui révolutionnent divers domaines, de la médecine aux processus industriels.
Ainsi, plus l’environnement d’une source chaude est naturel (sol naturel, milieu environnant, lumière naturelle), plus l’eau et le sol sont peuplés d’une grande diversité microbienne. Les baigneurs peuvent alors bénéficier d’une chimie diversifiée dont ils tirent profit, y compris pour leur flore intestinale. Vous trouverez plus d’informations à ce sujet dans l’article « Le sol, couche de base et milieu vivant d’une source chaude ».
[1]. Effects of bathing in different hot spring types on Japanese gut microbiota. Takeda, M., Choi, J., Maeda, T., Managi, S. Scientific Reports (2024). DOI: 10.1038/s41598-024-52895-7, https://www.nature.com/articles/s41598-024-52895-7
[2]. Wicaksono WA, Cernava T, Wassermann B, et al. The edible plant microbiome: evidence for the occurrence of fruit and vegetable bacteria in the human gut. Gut Microbes. 2023;15(2):2258565.
